Acelera Brasil (gerida pela Microsoft), Outsource Brazil e Pipa não trabalharão mais com startups selecionadas pelo programa Start-Up Brasil. No momento, elas estão acelerando algumas das startups selecionadas na primeira chamada do primeiro edital da aceleração de 2013, e talvez até sejam escolhidas por startups selecionadas pela segunda chamada do mesmo primeiro edital de 2013 e venham a acelerá-las. Mas, a partir da terceira turma de startups, a ser selecionada pelo segundo edital, que deve ser lançado em abril de 2014, elas já não estarão mais credenciadas para receber as selecionadas.
A mudança deve-se ao processo seletivo para até 12 aceleradoras, que teve inscrições aberta até o final de janeiro. O MCTI tinha comunicado que as nove aceleradoras atuais, caso tivessem interesse, deveriam se inscrever novamente, normalmente, juntamente com outras eventuais aceleradoras interessadas. Hoje, o programa federal anunciou a nova lista de aceleradoras. Permanecerão credenciadas 21212, Acelera MGTI, Aceleratech, Papaya, Start You Up e Wayra, e passam a ingressar o grupo de credenciadas outras seis: Acelera Cimatec (ligada ao Senai na Bahia), Baita Aceleradora (de Campinas), C.E.S.A.R. Labs (ligado ao instituto em Recife), TechMall (ligado ao PDItec em Belo Horizonte), Ventiur (de Porto Alegre) e Wow (também da capital gaúcha).
Chama atenção de Felipe Matos, COO do programa, o fato de duas das novas aceleradoras selecionadas, a Acelera Cimatec e a Baita, terem competência em hardware.
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